Chào mừng bạn đến với thế giới của Gensokyo, trong đó youkai (Thuật ngữ cho tất cả các loại sinh vật tâm linh), động vật và một số người sống, tách biệt hoàn toàn với thế giới của chúng ta bằng một rào cản ma thuật. Cửa ngõ duy nhất giữa hai thế giới là đền thờ Hakurei. Reimu Hakurei là thiếu nữ làm việc tại ngôi đền nói trên. Bất cứ khi nào có vấn đề về nguyên nhân siêu nhiên (được gọi là "Sự cố"), Reimu đi ra ngoài với bạn bè để điều tra, loại bỏ nguyên nhân và hy vọng khôi phục Gensokyo về trạng thái cân bằng.