Chiến tranh đường sắt! diễn ra trong một vũ trụ thay thế, nơi chính phủ Nhật Bản vẫn kiểm soát các hệ thống đường sắt của quốc gia. Do sự ổn định dành cho sự lãnh đạo của chính phủ, hệ thống đường sắt được phép phát triển mạnh mẽ. Naoto Takayama khao khát trở thành nhân viên cho Đường sắt Quốc gia Nhật Bản vì cuộc sống thoải mái sẽ giúp anh sống. Để thực hiện điều này, anh tham gia chương trình đào tạo của mình, nơi sinh viên phải thể hiện kiến ​​thức về tàu hỏa cũng như khả năng sẵn sàng cho mọi thử thách có thể xảy ra. Trong khoảng thời gian này, anh sẽ bắt gặp những học sinh khác như Aoi Sakura có năng khiếu thể thao, Sho Iwaizumi đói liên tục và bách khoa toàn thư về con người Haruka Komi. Họ sẽ cùng nhau làm việc để sống sót qua thời kỳ thực tập sinh, tất cả trong khi tiếp nhận những kẻ giật túi xách, đe dọa đánh bom, và bóng ma lờ mờ của nhóm cực đoan RJ RJ, người muốn tư nhân hóa hệ thống đường sắt.