Năm 2089, 89 năm kể từ chiến tranh vũ trụ thứ nhất, đã thay đổi cuộc sống của hai chủng tộc con người và Zentradi. Cả hai chủng tộc hiện đang chung sống hòa bình trên Trái Đất thì bỗng nhiên một chủng tộc mới xuất hiện trên hệ Mặt Trời tên là Marduk. Giữa chiến trường của Lực lương không gian Liên Hợp Quốc với hạm đội Marduk, phóng viên tập sự Hibiki đã phát hiện ra Ishtar, một Emulator làm tăng khả năng chiến đấu của Marduk bằng cách hát. Hibiki đưa Ishtar về Trái Đất nhằm dạy cho cô về những giá trị cuộc sống và văn hóa. Cùng với phi công Valkyrie chủ lực Silvie Gena, Hibiki và Ishtar phải tìm ra cách để cứu Trái đất khỏi sự hủy diệt hoàn toàn dưới bàn tay của kẻ đứng đầu Marduk là Ingues.