Vào năm 2029, thành phố Niihama đã trở thành một đô thị công nghệ tiên tiến. Do những cải tiến lớn trong điều khiển học, công dân của nó có thể thay thế tay chân của họ bằng các bộ phận robot. Thế giới bây giờ đã kết nối với nhau hơn bao giờ hết và Bộ Công an Thành phố 9 chịu trách nhiệm xem xét tham nhũng, khủng bố và các mối đe dọa nguy hiểm khác sau sự thay đổi này theo hướng toàn cầu hóa. Thiếu tá Motoko Kusanagi có ý chí mạnh mẽ trong Phần 9 dẫn đầu một vụ án liên quan đến một hacker bí ẩn chỉ được biết đến với cái tên "Master Puppet", người để lại dấu vết nạn nhân bị tước đi ký ức. Giống như nhiều người trong thế giới tương lai này, cơ thể của Puppet Master gần như hoàn toàn là robot, mang lại cho họ sức mạnh đáng kinh ngạc. Khi Mokoto và thuộc hạ của cô đi theo dấu vết của tên tội phạm bí ẩn, các bên khác, bao gồm cả Phần 6, bắt đầu tham gia, buộc cô phải đối mặt với tính chất cực kỳ phức tạp của vụ án. Suy ngẫm về những câu hỏi triết học khác nhau, chẳng hạn như ý nghĩa cuộc sống của chính cô, Makoto sớm nhận ra rằng người sẽ cung cấp những câu trả lời này không ai khác chính là chính Người điều khiển rối. [Viết bởi MAL Rewrite]