Sau năm 2000, một phần thế giới đã bị phá hủy bởi một sinh vật gọi là ADAM, sự kiện này gọi là "2nd IMPACT". Ikari Shinji là một cậu bé mồ côi mẹ, và rất ghét cha mình, người mà Shinji đã không gặp trong nhiều năm. Một hôm vào năm 2015, Shinji nhận được lệnh của cha và đến Neo Tokyo-3. Shinji chứng kiến một sinh vật khổng lồ gọi là ANGEL tấn công thành phố; cậu được một phụ nữ tên là Misato đón và đưa đến một căn cứ bí mật dưới lòng đất gọi là NERV, nơi mà cha cậu đang là chỉ huy. Shinji được lệnh phải lái một robot để chiến đấu chống lại ANGEL, và cậu không đồng ý. Tuy nhiên khi chứng kiến Ayanami Rei, một cô gái nhỏ nhắn đang bị thương tích đầy mình phải vào buồng lái, Shinji chấp nhận thay thế và trèo vào robot EVA để chiến đấu chống lại ANGEL.