Năm 2022, khoa học công nghệ đã phát triển tới mức con người có thể đưa linh hồn của mình vào không gian mạng. Em gái của Remu, Shiki, đã được đặc cách vào thẳng một trường cao trung tại thành phố học viện "Okinotori-island Mega Float City (OMFC)" khi 14 tuổi. Một ngày, Shiki thú nhận với anh trai của mình qua Skype rằng cô đang trực tiếp nói truyện với anh qua không gian mạng và cơ thể thực của cô đang được ngâm trong bể chứa các chất nuôi cấy. Được gọi là "Body Pool" và Shiki kết nối mạng thông qua Nanomachine được cấy trong não cô. Remu đã rất ngạc nhiên nhưng anh tôn trọng quyết định của em gái mình cho tới lức sự cố "Early Rupture" xảy ra. Máy chủ đã bị quá tải và linh hồn của những người sử dụng bị lạc trong không gian ảo, để lại những cơ thể không hồn tại Body Pool. Vì muốn lấy lại linh hồn cho Shiki, Remu đã đến căn hộ của cô tại OMFC, và ở đó, anh đã gặp Shiki, khi cô vừa trốn thoát khỏi bệnh viện. Nhưng cô gái đó nói rằng mình không phải Shiki.